La structure de ce grand comité (6 sous-ensembles avec 50 groupes de travail) s'articule autour de 5 sous-comités SC1, SC2, SC4, SC5, SC6 comportant chacun plusieurs sous-groupes de travail spécialisés WG et un groupe de travail dépendant directement du TC, le WG4 :
- SC 1 = Terminologie,
- SC 2 = Méthodes d'analyses physiques chimiques et biochimiques,
- SC 3 = Méthodes d'analyses radiologiques
- SC 4 = Méthodes d'analyses microbiologiques,
- SC 5 = Méthodes d'analyses biologiques,
- SC 6 = Méthodes d'échantillonnage (Prélèvements),
Le SC2 comporte actuellement 13 groupes de travail actifs : chromatographie ionique, ICP, incertitudes, composés perfluorés, chloroalcanes.
Ses travaux sont relayés en France par les commissions T91B/F/G/M suivant la nature des substances ou indices considérés. Les travaux du WG48 sont relayés exclusivement par la commission de normalisation T90Q