De nouveaux outils doivent être développés et mis en œuvre dans le but de diminuer les coûts actuels de la surveillance et d’améliorer les performances des méthodes, ou encore d’améliorer la représentativité des mesures dans le futur. Le développement et la maîtrise de nouveaux outils d’échantillonnage intégratifs dans le temps permettront, par exemple, d’intégrer le suivi des concentrations de certains micropolluants dans les milieux aquatiques récepteurs et ainsi de mieux caractériser la contamination chimique d'un écosystème aquatique.
La surveillance du milieu aquatique peut ainsi être envisagée sous d’autres formes que celles habituellement proposées dans les textes réglementaires relatifs à la surveillance surtout en termes de méthodes complémentaires.
Pour autant, les techniques alternatives doivent faire l’objet d’une attention aussi importante que les techniques « usuelles » en termes de validation de protocoles, de métrologie et encadrer clairement les performances de ces outils alternatifs. Il peut s’agir de la mesure de paramètres physico-chimiques ou de micropolluants in situ ou en continu, voire de méthodes complètement innovantes qui visent plus à mesurer les effets de manière à conjuguer par la mesure des effets, l’impact des mélanges de substances sur le biote.
Les échantillonneurs passifs permettent de concentrer les contaminants et offrent de grands avantages par rapport aux prélèvements classiques d’échantillons d’eau. En effet, ces techniques permettent d’obtenir des mesures intégrées sur la durée d'exposition, ainsi qu’une diminution des limites de détection et de quantification. Les travaux récents ont conduit à la diffusion de plusieurs fiches méthodes détaillées ainsi qu’à la mise en œuvre d’un essai d’intercomparaison in situ pour des substances prioritaires.
Les travaux d'AQUAREF portent essentiellement sur le développement des outils de validation de ces nouveaux systèmes, qu'ils s'agissent des échantilloneurs passifs, des mesrues in situ ou en continu ou des bio-essais.