Cette commission est en charge de toutes les méthodes de bioindication permettant d'évaluer la qualité des écosystèmes aquatiques. A ce titre, elle est compétente pour l'ensemble des éléments biologiques et toutes les catégories de masses d'eau : rivières, lacs et plans d'eau, estuaires, littoral.

Actuellement, les projets en cours, prévus ou inscrits au programme de la commission T90F, portent sur :